वावगे यांच्याविरोधात गैरव्यवहाराच्या अनेक तक्रारी आहेत. त्यांच्याकडे व्यवस्थापकीय संचालकपदाचा प्रभार असतानाही अनेक तक्रारी झाल्या होत्या. त्यानंतरही त्यांच्याकडे वसंतराव नाईक संशोधन व प्रशिक्षण (वनार्टी) संस्थेच्या व्यवस्थापकीय संचालकपदाची जबाबदारी देण्यात आली. एकाच अधिकाऱ्याकडे दोन पदांची जबाबदारी देणे संयुक्तिक नसल्याने महाज्योतीमधून वावगे यांची तत्काळ हकालपट्टी करावी, अशी मागणीही केली आहे.
महात्मा ज्योतिबा फुले संशोधन व प्रशिक्षण संस्था ( महाज्योती ) येथील मुख्य लेखा व वित्त अधिकारी प्रशांत वावगे यांच्या कार्यकाळातील कामांची चौकशी करून त्यांची बदली करण्यात यावी, अशी मागणी राष्ट्रीय ओबीसी महासंघाचे राष्ट्रीय महासचिव सचिन राजूरकर यांनी केली आहे. यासंदर्भात त्यांनी मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस यांच्याकडे तक्रारही दाखल केल्याने वावगे यांच्यावरून नवा वाद निर्माण होण्याची शक्यता वाढली आहे.
निवेदनानुसार, वावगे हे अनेक वर्षांपासून महाज्योतीमध्ये कार्यरत आहेत. त्यांनी ओबीसी, विमुक्त जाती भटक्या जमाती आणि विशेष मागास प्रवर्गातील उद्योजक तयार व्हावेत यासाठी एकही योजना राबविली नाही. शेतकऱ्यांसाठी कोणतीही योजना निर्माण केली नाही. उलट पीएचडीधारकांना फेलोशिप न देता इतर मागास बहुजन कल्याण विभागातील निविदा महाज्योती येथून काढली आहे, असा आरोपही करण्यात आला आहे. व्यवस्थापकीय संचालकपदाचा प्रभार असताना संस्थेमधून महाज्योतीचे माजी व्यवस्थापकीय संचालक राजेश खवले यांच्या बदलीनंतर वावगे यांच्याकडे प्रभार देण्यात आला. वावगे यांच्याविरोधात या काळातही अनेक तक्रारी करण्यात आल्या होत्या. व्यवस्थापकीय संचालकपदावर पूर्णवेळ राहण्यासाठी त्यांनी मंत्र्यांकडे तगादा लावला होता. त्यांच्या कार्यकाळात महाज्योतीच्या विविध योजनांना उतरती कळा लागल्याने त्यांची महाज्योतीमधून तत्काळ हकालपट्टी करावी, अशी मागणीही राजूरकर यांनी केली आहे.
